历经25站大区赛和4站争霸赛共676场常规赛的比拼，晋级季后赛的12强球队将迎来终极对决。2025赛季超三联赛季后赛分为小组赛、四分之一决赛、半决赛、铜牌赛和总决赛。小组赛阶段，晋级季后赛的十二支球队按照常规赛积分排名以蛇形排列的方式分为四组，分别进行组内循环，每组第一名晋级四分之一决赛，每组第二名、第三名与对应组别球队进行淘汰赛，决出胜者晋级四分之一决赛，负者淘汰，根据常规赛竞赛积分排位确定赛季最终名次（第九至十二名）。
附加赛将与季后赛同地进行。超三联赛未晋级总决赛的7支球队将与超三卫星赛常规赛排名前四名（含）的球队进行比赛。上述11支球队按照成绩排名顺序（超三联赛球队、超三卫星赛球队）蛇形排列分为两个小组，每组前四名晋级四分之一决赛。未晋级的队伍不再进行排位赛，根据《国际篮联三人篮球规则》中的球队排名规则确定附加赛排名。
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2025赛季超三联赛季后赛及附加赛每场比赛开始的球权归属以比赛开赛日前一日官方小程序中的投票结果为准。即日起至10月16日20:00，球权归属投票通道开启。
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